Ekstraksi DNA

Tahapan awal yang perlu dilakukan saat kita memiliki sebuah sampel adalah ekstraksi. Ekstraksi DNA adalah prosedur yang digunakan untuk memurnikan DNA dengan menggunakan metode fisika dan/atau kimia. Tujuan ekstraksi DNA adalah untuk memisahkan DNA dari membran sel, protein, dan komponen seluler lainnya, sehingga menghasilkan DNA yang murni dan bebas kontaminan seperti RNA dan protein. Proses ekstraksi DNA melibatkan penghancuran sel dan pelarutan DNA, diikuti dengan metode kimia atau enzimatis untuk menghilangkan makromolekul, lipid, RNA, atau protein.

Di BIONESIA, ada 3 metode yang digunakan untuk mengekstraksi DNA hewan yaitu metode Chelex, Qiagen dan Genomic. Masing-masing dari metode tersebut memiliki proses dan tahapan yang berbeda. Selain metode ekstraksi DNA untuk hewan, ada juga metode ekstraksi untuk mengekstraksi DNA tumbuhan/tanaman yaitu metode Qiagen for Plant. Metode ini mirip dengan metode Qiagen pada ekstraksi DNA hewan namun menggunakan larutan dan tahapan yang berbeda.

Ekstraksi Chelex

Metode ekstraksi Chelex adalah suatu teknik ekstraksi DNA yang digunakan dalam bidang biologi molekuler. Metode ini umumnya digunakan untuk mengekstraksi DNA dari sampel biologis seperti darah, jaringan tanaman, atau kultur mikroba.

Proses ekstraksi menggunakan metode Chelex melibatkan penggunaan resin Chelex, suatu jenis resin penukar ion. Resin ini berfungsi untuk menangkap ion logam seperti magnesium dan kalsium yang dapat menghambat reaksi enzimatik dalam proses ekstraksi DNA. Dengan menangkap ion-ion tersebut, resin Chelex membantu menjaga stabilitas dan integritas DNA yang diekstraksi.

Proses ekstraksi DNA dengan metode Chelex relatif cepat dan sederhana, tidak memerlukan penggunaan bahan kimia berbahaya seperti fenol atau kloroform. Hal ini membuat metode Chelex menjadi pilihan yang populer dalam laboratorium yang membutuhkan ekstraksi DNA dengan skala kecil hingga menengah.

Ekstraksi Qiagen

Metode QIAGEN pada ekstraksi DNA adalah sebuah teknologi yang dikembangkan oleh perusahaan QIAGEN untuk mengisolasi DNA dari berbagai jenis sampel biologis. Metode ini menggunakan kit ekstraksi DNA yang disebut QIAamp DNA Mini Kit, yang dirancang untuk mengisolasi DNA dari darah, plasma, cairan tubuh, dan sampel swab. Kit ini memanfaatkan proses ekstraksi DNA yang cepat dan efektif, memungkinkan penggunaan dalam berbagai aplikasi.

QIAamp DNA Mini Kit menggunakan metode ekstraksi DNA yang berbasis spin-column, yang memungkinkan penggunaan dalam skala besar dan memudahkan proses ekstraksi DNA. Kit ini juga dilengkapi dengan reagen yang dapat menghilangkan protein dan kontaminan lain, sehingga DNA yang diisolasi lebih bersih dan terkonsentrasi.

Ekstraksi Genomic

Metode genomik dalam ekstraksi DNA adalah pendekatan yang dirancang untuk mengekstraksi DNA secara menyeluruh dari sampel biologis dengan tujuan untuk mendapatkan keseluruhan informasi genomik yang terkandung dalam sampel tersebut. Metode ini biasanya digunakan ketika kita tertarik untuk menganalisis seluruh genom atau bagian besar genom dari organisme tertentu.

Tahapan ekstraksi DNA genomik tidak jauh berbeda dengan metode ekstraksi DNA lainnya. Namun, perbedaannya terletak pada cara pengolahan sampel dan perlakuan terhadap DNA yang diekstraksi. Metode genomik sering kali mempertimbangkan ukuran dan konsentrasi DNA yang dihasilkan, kemurnian DNA, serta kecocokan DNA untuk analisis selanjutnya, seperti sekuensing genomik atau analisis genomik berbasis mikroaray.

Pada umumnya, proses ekstraksi DNA genomik melibatkan tahap-tahap seperti lisis sel untuk mengeluarkan DNA, pengendapan protein dan kontaminan lainnya, dan proses pencucian untuk membersihkan DNA. Setelah ekstraksi selesai, DNA yang dihasilkan akan siap untuk digunakan dalam analisis genomik lebih lanjut.

Ekstraksi Qiagen for Plant

Metode ekstraksi DNA menggunakan QIAGEN untuk tanaman melibatkan penggunaan kit ekstraksi DNA yang disebut DNeasy Plant Mini Kit. Kit ini dirancang untuk mengisolasi DNA dari berbagai jenis tanaman, termasuk tanaman tinggi polisakarida dan metabolit sekunder lainnya. Proses ekstraksi DNA menggunakan QIAGEN melibatkan tahapan-tahapan seperti lisis, pengikatan, pencucian, dan elusi untuk memisahkan DNA dari protein dan materi pengotor lainnya.

Ekstraksi Souvenir

Selain metode ekstraksi yang menggunakan reagen, ada juga ekstraksi DNA menggunakan bor. Ekstraksi ini dilakukan untuk mengambil DNA dari sampel hewan yang sudah diolah menjadi produk seperti gelang, cincin, kacamata, dan sebagainya.

Biasanya, setelah selesai dilakukan ekstraksi sampel akan disimpan di kulkas atau di freezer. Untuk sampel yang diekstraksi menggunakan Chelex disimpan di kulkas, sedangkan untuk sampel yang diekstraksi menggunakan Qiagen dan Genomic disimpan di freezer dengan suhu dibawa -20°C.

Terlepas dari metode yang digunakan, proses juga menjadi faktor yang penting untuk mendapatkan sampel DNA yang berkualitas tinggi dari berbagai jenis organisme atau bahan biologis. Dalam proses ekstraksi DNA, langkah-langkah yang diikuti dengan cermat dan konsisten sangat penting untuk memastikan hasil yang konsisten dan dapat diandalkan.

Dengan memahami dan mengikuti langkah-langkah yang benar dalam proses ekstraksi DNA, kita dapat memperoleh sampel DNA yang berkualitas tinggi yang dapat digunakan untuk berbagai tujuan analisis di bidang biologi molekuler, genetika, dan bioteknologi.