Analisis data setelah sequencing dilakukan untuk memproses dan menafsirkan data mentah yang dihasilkan oleh proses sequencing. Keluaran utama dari sekuensing adalah kromatogram, yang merupakan representasi grafis dari intensitas fluoresensi setiap basa yang dideteksi oleh sekuenser. Kromatogram kemudian diproses oleh perangkat lunak, yang menetapkan basa untuk setiap puncak dalam kromatogram. File sequencing yang dihasilkan berisi basa yang telah dipanggil atau dibaca di setiap posisinya.
Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) adalah sebuah perangkat lunak yang digunakan untuk melakukan analisis data evolusi molekuler dan membangun pohon filogenetik. MEGA dirancang untuk memberi para ahli biologi seperangkat alat yang komprehensif untuk menganalisis data urutan DNA dan protein dari perspektif evolusi. MEGA mencakup fungsi-fungsi yang diperlukan dalam melakukan analisis data seperti penyelarasan urutan DNA, rekonstruksi dan visualisasi pohon filogenetik, pengujian hipotesis evolusi, memperkirakan divergensi urutan, menangani keadaan ambigu dalam data sekuens yang mungkin seringkali timbul dari kesalahan urutan atau kumpulan data yang tidak lengkap, dan masih banyak lagi. MEGA mendukung berbagai pengunaan metode dan model statistik yang sangat penting untuk mengevaluasi kekuatan temuan penelitian dengan membandingkannya dengan informasi dari berbagai metode dalam berbagai model statistik yang lainnya.
No comments:
Post a Comment