Tahapan awal yang perlu dilakukan saat kita memiliki sebuah sampel adalah ekstraksi. Ekstraksi DNA adalah prosedur yang digunakan untuk memurnikan DNA dengan menggunakan metode fisika dan/atau kimia. Tujuan ekstraksi DNA adalah untuk memisahkan DNA dari membran sel, protein, dan komponen seluler lainnya, sehingga menghasilkan DNA yang murni dan bebas kontaminan seperti RNA dan protein. Proses ekstraksi DNA melibatkan penghancuran sel dan pelarutan DNA, diikuti dengan metode kimia atau enzimatis untuk menghilangkan makromolekul, lipid, RNA, atau protein.