Sequencing

DNA sequencing adalah proses untuk menentukan urutan dan posisi basa nukleotida pada DNA. Kita mengenal ada 4 basa DNA yaitu adenin (A), timin (T), guanin (G), dan sitosin (C). Dengan melakukan sequencing, kita dapat mengetahui bagaimana posisi basa-basa tersebut hingga membentuk urutan sebuah DNA. Salah satu metode yang digunakan pada DNA sequencing adalah sanger sequencing.

Setelah melalui proses elektroforesis dan dinyatakan positif, selanjutnya PCR product akan dikirimkan ke jasa sequencing untuk dilakukan sequencing. BIONESIA sendiri tidak melakukan sequencing dikarenakan biaya yang cukup tinggi, sehingga dengan mengirimkan sampel ke jasa sequencing lebih memangkas biaya yang digunakan.

Dalam sequencing, dilakukan pemurnian PCR product dengan metode Exo-SAP-IT untuk membersihkan PCR product dari dNTP dan primer yang berlebih saat proses PCR. Kemudian dilanjutkan dengan tahapan cycle sequencing, tahapan ini mirip dengan tahapan PCR yaitu sama-sama menggunakan thermal cycler namun perbedaannya adalah dalam sequencing digunakan ddNTP dan primer yang digunakan tidak dijadikan satu tube melainkan tube terpisah. Setelah cycle sequencing, dilakukan pemurnian lagi untuk menghilangkan kontamninan yang dapat mengganggu kekuatan sinyal fluoresence dari fragmen DNA yang sudah dilabel.

Setelah dimurnikan, sampel akan dirunning di dalam capillary electrophoresis yang sudah dipasang detektor fluoresence dan akan terbaca jika ada sinyal fluoresence kemudian sinyal terhubung dengan layar komputer yang menampilkan sinyal dalam bentuk kromatogram.